مجلس الإدارة 
يعتبر الهيكل العلوي للمركز ويضم ممثلين عن:
- الدول الأعضاء.
- اللجنة الاقتصادية للأمم المتحدة لأفريقيا.
- المنظمة الأفريقية لرسم الخرائط والاستشعار عن بعد (OACT).
- جامعة الدول العربية.
صلاحيات مجلس الإدارة :
- اعتماد سياسة المركز .
- تعين المدير العام.
- الاعتماد و المصادقة على الميزانية والبرنامج العام للمركز.
- تحديد شروط قبول الأعضاء الشركاء
المجلس العلمي
:
يتكون المجلس العلمي من القدرات التقنية والعلمية ممثلين ومعرفين من الدول الأعضاء ومهمته:
- تحديد و اعتماد الأنشطة العلمية والتقنية للمركز.
- تقديم التوصيات اللازمة عن أنشطة و برامج المركز لمجلس الإدارة للمصادقة عليه.